Muzeum należy do najstarszych i największych instytucji muzealnych działających nieprzerwanie do dziś w obecnych granicach Rzeczypospolitej Polskiej. Posiada osiem oddziałów, w ramach których chroni, bada, edukuje i prezentuje materialne i niematerialne dziedzictwo Torunia i regionu, czerpiąc z kultury europejskiej i światowej.
Odpowiadając na wyzwania współczesności aktywnie działa ze społecznością i na jej rzecz, budując wspólnotę wartości opartą na szacunku dla historii, sztuki, zabytku, środowiska i drugiego człowieka.